首先是经费不足。2011年，国家将年人均基本公共卫生服务经费标准由15元提高至25元，但基层普遍反映不够。湘南地区一位市卫生局负责人说，以计划免疫为例，一个小孩14岁前，从出生打乙肝疫苗开始，村医要对其服务24次，其中18次集中于小孩6岁之前。一个中等人口乡镇，每年儿童健康管理任务量达到3000多人次，每年几元的“人头经费”显然不够。更严重的是，很多地方公共卫生经费中地级市以下财政配套的每人5～8元不能足额到位，工作开展更是捉襟见肘。

　　其次是“缺兵少枪”。比如，在欠发达地区的区县(市)以下，很多公办卫生服务机构缺乏足够的体检人员、体检设备，导致一些乡镇部分体检项目无法开展。再如，虽然村卫生室配有电脑但网络连接质量不高，一些填报软件的设计操作性不强，也让一些基层机构对公共卫生服务感觉力不从心。

　　最后是机制漏洞。据本刊记者了解，目前很多地方对基本公共卫生服务的工作量认定、绩效考核标准尚未建立，大体以人口数乘以人均经费标准发放工作津贴，“干好干坏一个样”。更有甚者，一些城区核定公共卫生服务机构的公共卫生经费，以当地有户籍的常住人口数量为基数核发，实际情况则是这里往往有大量不落户的外来人口居住，这一方面导致资金缺口放大，另一方面也在一度程度上“逼”着基层机构在服务落实上造假。

　　前述问题往往导致基层公共卫生服务的质量不尽如人意。比如，65岁以上老人健康体检，往往只有测血压、身高、体重、血常规等简单项目，连X光片都无法实现;再如，一些单位根据户籍资料杜撰公共卫生服务，致使出现服务对象搬迁甚至去世后，还在接受慢性病管理服务等现象。

　　一位社区医生告诉本刊记者，他们两人一组进社区建立健康档案，从进门询问到完成填表需要近1个小时，如果遇到找不着人或对方不配合的情况就要花更多时间。基于此，湖南西部地区一位市卫生局负责人私下表示，“有的地方很短时间就能建起几十万份居民电子健康档案，这种高效率真的靠谱吗?”

　　基本药物的新问题

　　此外，国家基本药物制度的初期探索也出现一些新问题。

　　比如，部分基本药物特别是廉价药“有名无市”。按照国家和各地增补品种目录，各地基层医疗卫生机构一般有600种左右基本药物可选。但河南省项城市一位乡村医生说：“廉价的复方甘草片、退烧针剂及感冒胶囊等总是没货。”贵州省丹寨县一家乡镇卫生院负责人也表示，基药网上挂有538个品种，但能采购的只有220种。多地基层卫生部门反映，部分基本药物尤其是廉价药“有名无市”，主要是少数厂家当初为了挤进基本药物名录刻意压低价格，如今，这些药或因成本和销售价格倒挂停产，或因配送公司无利可图不送。催药，正在成为当下一些基层医疗机构的烦心事。更严峻的是，一些基层卫生部门负责人坦言，在财政保工资、绩效靠创收的背景下，也不排除基层医院暗中经营非基本药物，这些药藏在架子顶上、柜子里头，长此以往，基本药物制度可能面临反复。

　　再如，部分常用药、救急药难觅。据湖南、贵州山区一些医护人员反映，像治疗毒蛇咬伤的特效药蛇毒血清、治疗退行性关节病变(俗称老年关节炎)的透明脂酸钠、治疗小溃疡的蓝汞和红汞、治疗农药中毒的氯磷定等都不是基本药物。由于一些急救药、儿科药、妇科药、老年病药、结石病和风湿病药等未纳入基本药物，在一定程度上制约了部分地方基层卫生机构对常见病、多发病、慢性病的诊疗能力，助长了推诿病人的风气。江苏省扬州市宝应县实行基本药物制度后的第一个月，县人民医院病床使用率达120%，仅阑尾炎手术一个月就做了20例，而之前只有5例。

　　最后，少数基本药物的价格仍然虚高。有卫生部门干部和基层医生反映，这种情况突出表现为某些基本药物的采购价高于市场价，一些高价基药的“厂方代表”还频频以利益为诱饵鼓励基层卫生机构“报计划”。湖南省邵阳市一位卫生部门干部说，基本药物廉价药缺货、高价药“当家”，让他们将乡镇卫生院每次住院费用控制在1000元以下的目标很难实现。