据多名当地人反映，1998年，8万元就可以在当地建起一幢二层200平米左右的小楼。周炳然后来称这些钱均为省吃俭用存的，但是当时，对于每月只有200元左右的普通职工来说，10多万元存款无疑是个天文数字，很难不让人怀疑存款来源的合法性。但一位不肯透露姓名的人分析称，要么是公司管理混乱，另一种可能是，周炳然为避免太张扬，才把钱存在不同的地方。

　　2000年3月17日，砀山县人民法院判决：周炳然构成职务侵占罪，判处有期徒刑6年。同年7月25日，宿州中级人民法院驳回周炳然上诉，维持原判。

　　不满自己所受不白之冤，2004年11月出狱后的周炳然一直在砀山县法院与宿州中级人民法院之间奔走，寻求法律公正。

　　周炳然据检察机关于2005年作出的文证审查意见，向安徽省宿州中院申请再审。

　　2011年6月10日，安徽省宿州中院判决认为，周炳然在1996年10月—1998年6月任砀山县生资公司北关门市部经理期间，账目自立自记，管理混乱，拖欠公司货款之事实存在，但根据本案现在证据尚不能证明争议的9笔货物全部进入北关门市部，也不足以证明该货款被周炳然侵占。安徽省宿州中院在2012年11月16日发给《中国经济周刊》的《关于周炳然职务侵占案无罪判决的说明》介绍：“再审中，由于原判认定事实的依据发生变化，无法得到合理排除，本院以事实不清，证据不足，存疑无罪，撤销原判，宣告周炳然无罪。”

　　“最能反映当时公司与门市部之间送、收货情况的‘砀山县生资公司化肥运输证明单’在卷中没有出现过，且双方无异议的门市部盘点记录的真实账簿没有9笔货进入北关门市部的记录。”受宿州市司法局指派，曾为周炳然作过两次辩护和一次国家赔偿申请的免费代理、安徽云飞律师事务所律师周义林，对当时的情景记忆犹新，“公安机关从周炳然家里搜到的现金、有价证券虽与9笔货款数额相似，但不能以此认为这是周炳然侵占的公司货款。”

　　2012年11月，谈及此点，一位基层法官对《中国经济周刊》记者表示，只能说是公安机关搜集的证据“是次品，没有用相关的证据加以固定”。在他看来，依据新修订的《刑事诉讼法》“疑罪从无”的精神，周炳然才得以获得无罪。当地公安部门对此没作回应。

　　女儿之死

　　2006年7月5日凌晨3点，1981年出生的女生周姗姗拧开装有剧毒农药的瓶盖，告别了这个世界，当天晚上，周姗姗被火化。

　　“南开学子周小兰(周姗姗乳名)，弱女家住砀山县，父母愚钝家境寒;从小生来度日难，日子虽苦爱读书，苦读经书为哪般?好有工作担家难;可怜世俗难遂愿，毕业求职路艰难，一因学费未缴齐，文凭证书被扣存;二因工作难应聘。”周姗姗死后，署名为“砀山关心下一代委员会”的网友在网络上写下祭奠她的长篇打油诗。

　　父亲的冤案、找工作受阻、个人情感受挫等综合因素，是导致周姗姗自杀的原因，一位不愿透露姓名的当地人分析。

　　“由于家里的原因，精神上受到很大刺激。”曾任其班主任的砀山二中英语老师梁永智深表惋惜，“她当年以砀山文科高考总分第二名考上南开大学，她学习非常用功，高二时因为父亲事情，精神状况很差，不停地想退学，我反复地去做工作，她坚信父亲是无罪的，有一个信念，要上好学，甚至想学法律，为父亲申冤。”梁永智告诉《中国经济周刊》，高三期间，他还发动了捐款，为周姗姗交了学费。

　　大学毕业后的周姗姗还曾回到母校，参加招聘考试。据梁永智说，当时周姗姗笔试成绩第一名，但是由于非师范专业，“讲课这块不行”，因此没被录取。经济拮据一直是困扰周姗姗的主要问题，毕业后的周姗姗还曾在北京呆过4个月。

　　因为两年学费没交，周姗姗毕业时没能拿到毕业证、学位证原件。但南开大学新闻中心副主任丁峰向《中国经济周刊》否认了这一说法，并表示，“刚入学时就表现性格孤僻，不合群，还跟同学打过架”，“由于时间过去了这么久，联系同学接受采访很困难。”