这之后，吴杰继续留在航天员中心工作，直到2016年6月，他由于个人身体原因，从科技处处长助理的岗位上退休。退休前，处里给他举办了简单的告别仪式，肯定他在载人航天方面的成就。他在会上做了发言，对组织多年的培养表示感谢。

　　从1996年到2016年，是吴杰的个人年表中定位在中国航天员中心的20年。这20年间，他看着战友慢慢走出了不同的人生轨迹。从“神舟五号”到“神舟十号”，我国首批14名航天员中已经有8人的名字为公众所熟知，他们是：杨利伟、费俊龙、聂海胜、翟志刚、刘伯明、景海鹏、刘旺、张晓光。其中聂海胜两次执行过飞行任务，景海鹏更是三度飞天。

　　当总结首批航天员的独特性时，吴杰给出了这样的答案：“我们来是为了梦想，为了信念，但也是懵懵懂懂，不懂得世故、利益和危险。我们大部分是60后，受到的是传统的理念熏陶，守纪律，能吃苦。经历过大变革，想突破，羡创新，没有名利双收的功利心，却有为祖国、家庭和个人争创辉煌的荣誉感。我们赶上了好时代，搞载人航天也许是我们彰显人生价值的最好途径。谁能想象到从我们到北京来以后的好运气，载人航天发射100%的成功率，但也没想到还有上不了太空的遗憾。”

　　这遗憾注定伴随他终生。依照后来的形势判断，这也可能是首批航天员队伍里特有的现象，未来的走向谁都无法预测，只能用时间去验证最终答案。如此说来，首批的14名航天员某种程度上更像是孤胆探路者，他们把人生中最宝贵的壮年献给了载人航天事业，而这项事业自发轫之始就显示出它复杂而微妙的特质。

　　在吴杰和李庆龙被派往俄罗斯学习之前的几年间，从1991年到1996年，航天发射经历了惊人的失败，有人讲是50%的成功率，载人航天到底搞不搞，敢不敢搞，在当时都是令决策者困惑的难题。

　　最终的结论是：航天医学工程系统被命名为航天员系统，为“921”工程7大系统之一。“921”工程作为载人航天工程历史上多番尝试的结果，终于取得成功，航天医学与工程研究所（简称“航医所”，后改名为航天员中心）随着工程上马可以公开招兵买马，壮大队伍。从“曙光号”到“921”，航医所中的多位工作人员见证了整个过程，为飞天的千古一梦做了长达30年的准备。当载人航天真正要开始启动的时候，他们却到了退休的年纪，许多人心有不甘，壮志挥泪。

　　吴杰以为自己的命运会有不同。他所说的“赶上了好时候”，是指他和他的队友们能参与到载人航天的实质发展阶段中来。如果把这个过程比作一场勇敢者游戏，那么这场游戏在骰子每一次的投注中都不可避免地产生出局者。

　　我国首批航天员之所以招募人数为14名，是因为借鉴了美国和俄罗斯的航天员选拔经验，原则上航天员训练过程中淘汰率一般为50%。2003年7月，在杨利伟首飞之前，14名航天员集体参加考核，这对他们相当于生死一战。考评委员会分为政治思想、专业技术及心理、医学评价3个组，通过复核试卷、回放录像、计算训练5年多来的各项考试等级和训练成绩，综合各界意见，最后给每个航天员打出总分。

　　7月3日，评选结果揭晓：14名航天员全部具备了独立执行航天飞行任务的能力，予以结业，并同时获得三级航天员资格。这意味着中国第一代航天员正式产生，标志着中国成为继俄罗斯和美国之后，世界上第3个能够独立培养航天员的国家。并且，这个成绩还打破了世界航天界的一项纪录：中国航天员大队的训练，淘汰率为零。任何美好的事物背面都难免有阴影。这样的成绩也暗示了另外一个事实：并不是每一名航天员都有执行飞行任务的机会。

　　“神舟一号”返回舱运回北京的第二天，时任国务院总理朱镕基曾到北京航天城视察，反复强调质量问题，并激励在场的航天员们：你们是英雄，你们的名字将留在中华民族的史册上。

　　第一个把名字留在中华民族史册上的航天员是杨利伟。朱镕基发表讲话的时候，吴杰还不知晓未来什么时候能够驾驶中国的飞船和空间飞行器对接。当时载人航天的整体计划是，经过4次无人飞船的探索，争取在2002年、确保于2003年实现中国载人航天的突破。