钓鱼岛冲突强调了日本面临的安全挑战。日本多年来遭受中国不断提升区域军力的威胁，与北京在海洋方面的冲突就是受到威胁的具体表现。报告指出，让日本喜忧参半的是，一方面其防务已纳入美国安全保证之下，一方面又担心华盛顿不会冒对华开战之风险保卫日本领土。日本迫切需要自卫队在国土西南方位构建军事能力。许多观察家认为日本海上自卫队与海岸警卫队之间缺乏协调和明确的责任划分。

　　报告称，中日钓鱼岛冲突对两国双边贸易造成了不利冲击，特别是对日本出口到中国的产品。不过，观察家指出，钓鱼岛争端引发的政治紧张态势可能不仅仅只影响到商业领域。在2012年9月份纷争巅峰期间，中国的抗议者呼吁抵制日货并捣毁日本零售商店。自2012年9月起，日本汽车制造商在中国的销售急剧下降。因此，报告指出，在中日钓鱼岛冲突上，日本首相安倍晋三不可能会在下次上议院大选前采取有争议的举措。