指挥机关方面，处于顶层的是直接对国家安全委员会和总统负责的白宫网络安全办公室，军队网络安全问题也在其管辖范围之内。办公室主任兼任总统网络安全顾问，由于位高权重，被外界称为“网络沙皇”。

　　在美军内部，网络战最高指挥机关是网络战司令部。该司令部隶属于美军战略司令部，拥有对各军种网络战司令部及部队的军事行动指挥权，负责统一计划、协调、组织和实施美军在网络空间的各类作战行动，确保美军及其盟国在网络空间的行动自由与对敌优势，同时负责与其他联邦部门的协调行动。

　　俄军事专家图林上校2012年指出，包括军人和文职人员在内，美军网络战司令部总编制约2.1万人，其中司令部机关约200人。

　　美国《华盛顿邮报》2013年1月报道，目前该司令部在编937人，未来几年将扩增到4900人。美国防部官员透露，扩员后网络战司令部将成立三支部队，其中“国家任务部队”负责保护关系国家安全和经济命脉的关键基础设施计算机系统;“作战任务部队”协助指挥官制订境外行动计划、发动攻击并采取其他进攻行动;“网络保护部队”负责保护国防部内部网络安全。

　　不过，这些还仅是司令部直属机关与部队，算上各军种网络战部队，美军黑客部队绝对称得上一个庞然大物。根据美防务专家乔尔·哈丁2010年的评估，美军网战部队总人数近9万人。近年来美军网络战部队不断壮大，目前数量已经超过10万大军。一支规模如此庞大的网络战部队，一旦集中发动攻击，任何国家和机构都将难以承受。

　　并非一个部门在战斗

　　对于如此庞大的黑客部队，美军十分重视其保障问题，经费逐年增加。在充足的保障和频繁的演练下，美军网络战司令部的实战能力大大提升，并将网络战方案纳入越来越多的旅级和师级演习中。

　　首先，在预算支持方面，有资料显示，2010年美军网络战司令部刚成立时，其预算是1.5亿美元，2013年已增长到1.82亿美元，并且这还仅用于活动支出，其他项目不在此列。其次，美军网络战司令部与国防部其他部门、国家安全局等机构有着密切而复杂的联系，其自建立之日就不是一个部门在战斗。国防部信息系统局提供技术支持与保障，国家安全局则提供大量的情报支援。只要想到网络战司令部司令是由国家安全局局长兼任这一事实，就不难理解二者之间的合作有多么紧密。

　　可见，虽然网络司令部与国家安全局在行政上是两大机构，但在业务上有着密不可分的关系。国家安全局隶属国防部，是美国信号情报机构，拥有雇员3万余人，是美国规模最庞大的情报机构。《国家安全局战略》中明确写到，其任务是向从美国政府到作战部队的广泛用户提供信号情报与信息保障产品及服务，并实施计算机网络行动，在任何情况下使国家及盟友获得决定性优势。

　　在网络战中，美国国家安全局担负着进攻与防御的双重任务，包括保护储存超级机密信息的美国计算机网络、对敌方进行电子窃听，以及利用网络间谍技术发动攻击、窃取他国机密等。

　　美国国家安全局动用120余颗卫星，建立最著名的“梯队系统”，并在加拿大、新西兰和澳大利亚等国设立数十个大型地面接收站，在美国和英国设有两个数据中心。全世界95%的通信信息都要经过“梯队系统”“过滤”，包括电话、文传、电子邮件等都会被它截获。它利用美国的卫星网络，截取移动电话通信的微波信号，在同一时间可记录数以百万个电话通信信息，然后利用效能强大的搜寻设备，寻找一些可能对安全构成威胁的字眼。

　　国家安全局每年都从全美各大院校招募大量计算机、数学、语言学等专业的优秀毕业生。近年来，国家安全局还设立了网络战学术中心，通过在一些特定大学对情报人员开设新的网络战课程，提高其网络打击能力。2012年5月，国家安全局宣布四所大学获得批准参加这项计划，分别是达科他州立大学、海军研究生院、东北大学和塔尔萨大学。据外媒体报道，上述计划开设课程包括编写计算机病毒、入侵网络、破解密码、数据挖掘等。