他分析，“中国大陆不希望马英九团队此时涉入此事，不仅在党内会受到质疑，也担心民进党以此为攻击马团队的藉口，但民进党又左支右绌，拿不出像样的保钓对策。如果中国大陆和马英九联手，那完了，对马英九会是混身插满了箭，所以中国大陆不是看不到这一点，他们处理得很谨慎，而且此时如果中国大陆操之过急，破坏了台湾和美国之间的信任感，对中国大陆来说也没有好处，因为届时台湾可能会用更多的力量和资源，来弥补重建台美之间的信任感。”

　　中日一旦开战，施孝玮认为“台湾应该自保”。他说，台湾距钓鱼岛约140公里，一旦开战，必然压缩了台湾的空防及海防预警时间，一旦中国大陆解决了钓鱼岛问题，台湾北方屏障就有了漏洞，毫无屏障。他分析，美国建构的“第一岛链”，把台湾当做“类冷战时期”的看门狗，这是台湾不得不付出的代价;但他强调，中国大陆处理钓鱼岛主权的问题，到目前为止还是相当克制而理性的。